Στα κλειστά συστήματα το διάλυμα της απορροής ανακυκλώνεται και επαναχρησιμοποιείται σε μεγάλο ποσοστό (εικ. 2). Με τον τρόπο αυτό έχουμε οικονομία στην κατανάλωση λιπασμάτων και σημαντική μείωση της ρύπανσης. Στην περίπτωση αυτή ανήκει και το σύστημα NFT. Για λόγους συγκράτησης της ισορροπίας στο διάλυμα ένα μικρό ποσοστό πρέπει πάντα να απορρίπτεται. Αυτό επιτυγχάνεται είτε με συνεχή ποσοστιαία απόρριψη είτε με ολική απόρριψη του διαλύματος κατά αραιά χρονικά διαστήματα.
Τα κλειστά συστήματα είναι πιο ευαίσθητα και ένα σημαντικό μειονέκτημα τους είναι η πιθανή εξάπλωση ασθενειών σε όλα τα φυτά της καλλιέργειας. Το υψηλό κόστος επένδυσης, σε εξοπλισμό απολύμανσης της ανα-κυκλοφορίας, είναι ένας από τους περιοριστικούς παράγοντες εξάπλωσης αυτού του τύπου.
Από μελέτες οικονομικών, τεχνικών και περιβαλλοντικών στοιχείων κλειστών συστημάτων για διάφορες ομάδες φυτών, έγινε ξεκάθαρο το γεγονός ότι με τα κλειστά συστήματα η κατανάλωση νερού και λιπασμάτων μπορεί να μειωθεί σημαντικά. (Vernooy C.J.M.,1992). Η διατήρηση εύρωστων φυτών και καλού αέριου και ριζικού περιβάλλοντος καθώς και η προσεκτική ρύθμιση της ανακύκλωσης είναι φυσικοί τρόποι μείωσης της πιθανότητας μόλυνσης. Στην περίπτωση αυτή απαιτείται καλή γνώση και συνεχής παρακολούθηση ώστε να γίνεται ελάχιστη χρήση χημικών απολυμαντικών και μόνο όταν οι συνθήκες επιβάλλουν προληπτικά μέτρα. Η χρήση βιολογικών φίλτρων είναι μια νέα φυσική μέθοδος η οποία χρήζει διερεύνησης στις Ελληνικές κοινωνικο-οικονομικές συνθήκες.
Σε πολλές χώρες η νομοθεσία θα οδηγήσει στην υποχρεωτική χρήση κλειστών υδροπονικών συστημάτων, αποβλέποντας στην μείωση της μόλυνσης των εδαφών και των υπογείων υδάτων.