Η τεχνική της υδροπονίας διαθέτει πληθώρα πλεονεκτημάτων έναντι των συμβατικών μεθόδων καλλιέργειας. Κατά κύριο λόγο πλεονεκτεί:
Για τον καταναλωτή
Μέγιστο πλεονέκτημα των υδροπονικών καλλιεργειών είναι η απαλλαγή από ασθένειες εδάφους και ζιζάνια. Δεδομένου μάλιστα ότι το βρωμιούχο μεθύλιο έχει απαγορευτεί, είναι πλέον μείζον πρόβλημα η απολύμανση του εδάφους. Στο σημείο αυτό η Υδροπονία χαρακτηρίζεται άκρως φιλο-περιβαλλοντική.
Η υδροπονία προσφέρει απόλυτο χημικό έλεγχο του ριζικού περιβάλλοντος με αποτέλεσμα να είναι τέλεια η θρέψη των φυτών χωρίς πλεονάσματα χημικών και λιπασμάτων. Το αποτέλεσμα είναι ποιοτικό προϊόν για τον καταναλωτή με σεβασμό στο περιβάλλον.
Επιτρέπει τον άμεσο και ευχερή έλεγχο του υδατικού δυναμικού της ριζόσφαιρας ώστε να αποφεύγεται η υπερβολική χρήση νερού δηλ. σεβασμός σε ένα περιβαλλοντικό παράγοντα αυξανόμενης έλλειψης. Το μέλλον της ανθρωπότητας θα κριθεί από την υδατική επάρκεια και η υδροπονία θα γενικευθεί σε όλες τις θερμοκηπιακές καλλιέργειες. Δεδομένου ότι το θερμοκήπιο αφ’ εαυτού προσφέρει μείωση υδατικών αναγκών υπάρχει συνέργεια θερμοκηπίου και υδροπονίας και η εξέλιξη σηματοδοτεί συνεχή αύξηση της θερμοκηπιακής έκτασης, εις βάρος της υπαίθριας, και γενίκευση της υδροπονίας.
Για τον καλλιεργητή
Σε περιπτώσεις όπου το διαθέσιμo νερό λόγω υψηλής αλατότητας είναι ακατάλληλο για καλλιέργεια εδάφους. Η υδροπονία επιτρέπει ευχερή απόπλυση, χωρίς κατακρατήσεις ιόντων, και επομένως, σε συνδυασμό και με το πλεονέκτημα (3) επιτρέπει καλύτερα την χρήση αλατούχου νερού. Επιπλέον, οι ανάγκες για διάφορες καλλιεργητικές τεχνικές όπως το όργωμα, η απολύμανση, η λίπανση, η ζιζανιοκτονία και η αμειψισπορά εξαλείφονται. Προσφέρει τη δυνατότητα για επιτυχή καλλιέργεια ακόμα και σε μη ευνοϊκές συνθήκες, όπως για παράδειγμα σε περιοχές όπου δεν υπάρχει κατάλληλο έδαφος. Τέλος, η τεχνική είναι οικονομικά βιώσιμη ακόμα και σε περιοχές με υψηλό κόστος γης, δεδομένου ότι είναι εφικτές μεγάλες αποδόσεις.
Τέλος η ανεπάρκεια νερού σε περιοχές μεγάλης κατά τα άλλα θερμοκηπιακής δραστηριότητας, όπως η λεκάνη της Μεσογείου, οδηγεί πολλές φορές σε απόφαση χρήσης αντίστροφης όσμωσης όχι μόνο για εμφιαλωμένο νερό αλλά και για άρδευση. Η υδροπονία σε αυτή την περίπτωση καλείται σε μορφή κλειστού συστήματος να αποδώσει μηδενικές απώλειες νερού. Τέλος λόγω της ενεργειακής κρίσης που συνεχώς θα οξύνεται η υδροπονία προφέρεται για χωριστή θέρμανση ρίζας και αέριου περιβάλλοντος ώστε εφαρμόζοντας την αρχή «θερμά πόδια και δροσερή κεφαλή» μπορεί να επιφέρει οικονομία στην ενέργεια θέρμανσης. Παρόλο που και το υπέργειο μέρος έχει τις θερμικές του ανάγκες το κόστος θέρμανσης θα οδηγήσει σε διαστρωμένη θέρμανση κατά σειρά περιβάλλον ριζικό 18-20ΟC, περιβάλλον φύλλου 10-15 ΟC, αέρια κορυφή ψυχρή.